Il nonno di Yugi ritrovò i pezzi di un’antico rompicapo egiziano e suo nipote Yugi Muto riesce ad risolverlo e liberare lo spirito di un faraone rinchiuso per più si 5000 anni e che non ricorda niente neanche il suo nome e Yugi insieme ai suoi amici cerca attraverso il gioco Duel Monster e cercando di sfuggire ai tranelli del gioco delle ombre (un’ antico gioco giocato nell’antico Egitto ai tempi del Faraone).
Questa saga tuttora in onda parla invece di un ragazzino di nome Jaden Yuki un giovane duellante aspirante Re dei giochi a cui viene affidata la carta Kuriboh Alato (che lo guiderà nel suo cammino) da Yugi prima del combattimento che deciderà la usa ammissione alla Duel Academy (scuola di duello), che nonostante le prove “scritte” prese voti molto bassi riesce addirittura a vincere contro un professori della scuola, ciò nonostante, viene assegnato nei dormitori Slifer Rosso per gli studenti che hanno concluso gli esami di ammissione con voti decisamente bassi. La storia prosegue con molti combattimenti tra Jaden e diversi studenti della Duel Academy invidiosi della sua popolarità.